忠恩寺の創建は1559年（永禄年間）で、千曲川の河畔、長野市長沼の地に、長沼城主の島津淡路守の招請で貞誉秋応が開山したそうです。長沼は松川の千曲川への合流地の対岸（旧豊野町の南隣）にあります。松川は須坂市と小布施町との境界を流れています。名前のとおり、沼地が多いところだったようです。

  関ケ原での勝利の後、徳川家は覇権を固めるために全国の領主の配置換えを敢行しましたが、そのとき長沼領主だった関長門守の飯山への移封にともなって、寺も移転してきました。移転後は、飯山藩の歴代領主の手厚い庇護を受けることになりました。
  ことに忠恩寺を菩提寺とした松平家は寺領１６石、本多家は供養米５０俵を寄進したのだとか。藩主との恩顧が深い寺院ということで、飯山城の西側に広大な境内を与えられ、現在地から妙専寺にまでおよんでいたそうです。

  明治時代の飯山の復興は焼け野原から始まりました。城の西を通る谷街道（飯山街道）の道筋はほぼ以前のままだとしても、そのほかの街筋や街並みは大幅に組み換えられたようです。
  寺院や神社についても同様で、忠恩寺が「松寿山正覚院」という山号院号で再建されてきたのは、旧寺院の境内や堂宇のごく一部分が忠恩寺の寺号を引き継いだからでしょう。忠恩寺に属していた塔頭支院は、それぞれ現在の寺号で独立して再建されていったのでしょう。

  現在の本堂は1727年（享保年間）の火災で焼失後、1733年に再建されたものだそうです。豪雪地帯なので急勾配の高い寄棟屋根の正面には唐破風向拝が設けられています。外陣天井には、室内のどこから見ても竜と目が合うという八方睨みの竜が描かれています。境内裏手には、入母屋造りの地蔵堂があります。寺宝の黒本尊阿弥陀如来像は、本多廣孝が徳川家康から拝領した秘仏だとか。